La Coordinación de los departamentos de asignaturas, a cargo del Prof. Francisco Mella F. tiene la misión de animar los procesos de enseñanza-aprendizaje. Para ello cuenta con los departamentos y sus responsables. La animación las labores pedagógicas supone un trabajo mancomunado, reflexión conjunta, compartir experiencias y, de forma especial, propiciar el crecimiento personal en todos los ámbitos que involucra la vocación docente.

Los planes y su puesta en práctica para que incrementen su coherencia y vayan de la mano, cuentan con el máximo de cooperación de todo el colegio, se trabaja integrando a todo el profesorado. Al considerarse la vida escolar como un todo que va creciendo y superando etapas, no se pueden dejar de encarar la reflexión y el trabajo académico con la misma mirada. Es por ello que cada departamento, al frente de sus respectivos responsables, transmite las grandes líneas tanto de reflexión como de las acciones que conlleva.